新冠核酸检测的方法有鼻咽拭子、口咽拭子、肛拭子。
被检测者保持头部不动，去除鼻前孔中表面的分泌物。检测者通过鼻腔轻轻将拭子以垂直鼻子方向插入鼻孔，直至手指触及鼻子，使拭子在鼻内停留15-30秒，然后轻轻旋转3次。将拭子投入病毒运送培养基中，密封后标记，然后送检。患有鼻窦炎或过敏性鼻炎的患者，最好不要采取鼻咽拭子的方式进行检测，防止鼻腔受到损伤。
被检测者张口发“啊”音，腭垂上提暴露咽后壁，拭子越过舌根，到达咽狭病变处，快速擦拭两侧腭弓和咽、扁桃体分泌物。将拭子投入病毒运送培养基中，密封后标记，然后送检。做口咽拭子检测前两个小时尽量避免进食，以免引起呕吐。
取样拭子在生理盐水中浸泡后，插入肛门2-3厘米或在肛门周围褶皱处擦拭进行取样。此方式可提高检出率，减少漏诊，因此肛拭子检测方式更适合重点人群。